En överenskommelse nåddes efter att klubbarna hade hittat en kompromiss om en övergångssumma, som skulle ha varit minst 35 miljoner pund.
25-åringen hade fått tillåtelse att slutföra övergångsformaliteterna, inklusive ett medicinskt test, i London på måndagen, innan han skrev på ett långtidskontrakt med Premier League-mästarna.
Läs: Erik ten Hag är riktigt arg
Men källor har nu bekräftat för BBC Sport att affären har avbrutits.
Palace vägrade att godkänna övergången eftersom de stötte på svårigheter att hitta en ersättare – eftersom målvakten Igor Julio valde en flytt till West Ham.
De värvade Toulouse-mittbacken Jaydee Canvot på transferfönstrets sista dag, men Palace ville ha två ersättare på plats innan de godkände Guehis avgång.
Läs: Victor Lindelöf har skrivit på och Harvey Elliott och Jadon Sancho läser detaljer
